Od června 1905 je Muzeum Boskovicka nedílnou součástí života Boskovic. Muzejní spolek i vlastní muzeum bylo založeno skupinou nadšenců kolem PhMr. Františka Lipky, MUDr. Karla Snětiny a učitele Františka Tichého a řady dalších. Již před vlastním založením sbírali archeologické, národopisné, přírodovědné a historické památky. Muzeum i sbírky našly útočiště v zatím nepotřebných místnostech nového gymnáziu. Město současně muzeu převedlo zemskou dotaci a 24.6.1906 došlo k zpřístupnění první muzejní místnosti. Sbírkový fond muzea představoval v souladu s tehdejšími sbírkotvornými tendencemi soubor nejrůznějších předmětů od archeologických přes národopisné po archivní památky. Hlavní odbornou činnost tehdy představovaly archeologické výzkumy, jimiž se proslavili zejména František Lipka a Karel Snětina. V r. 1907 došlo při stavbě železnice do Velkých Opatovic v trati Lipníky k objevu velkého sídliště z doby bronzové. Ve stejném roce zahájil K. Snětina výzkumy na keltském oppidu na Starém Hradisku u Protivanova. Výzkumy na Starém Hradisku se protáhly až do počátku třicátých let a tam nalezené předměty patří k tomu nejcennějšímu ve vlastnictví nynějšího Muzea Boskovicka. Archeologické nálezy tehdy učiněné byly náležitě publikovány i v odborném tisku a přinesly muzeu uznání i za hranicemi regionu.

Léta do první světové války představují muzeum jako mimořádně plodné pracoviště, které se výraznou měrou zasloužilo o zachycení podoby regionu i jeho historie. V létě 1914 byly dokonce vypracovány plány na vybudování samostatné budovy muzea, k uskutečnění stavby však bohužel nedošlo. K znovuotevření muzea po 1. světové válce došlo až v roce 1926 stále v budově gymnázia. V r. 1933 se muzeum přestěhovalo do domu č. 7. na Masarykově náměstí, přesto to stále bylo provizorium. Odborná činnost byla stále zaměřena na výzkum oppida u Starého Hradiska, který zajistil muzeu i mezinárodní ocenění. Po roce 1934 převzalo výzkumy Moravské zemské muzeum v Brně a boskovické muzeum se zaměřilo na vykopávky v oblasti Jabloňan. Za války pak dochází k téměř úplnému zastavení činnosti muzea. Muzejní spolek v té době měl kolem 200 členů. V obavě ze zabavení některých vzácných předmětů však bylo muzeum v r. 1942 uzavřeno a část fondů uschována v soukromí. Po válce se znovu diskutovalo o novém umístění muzea. Prostory v domě č. 7 na náměstí byly přeplněné a tak muzejní spolek využil nabídky hraběte Mensdorfa-Pouilly a přestěhoval muzeum na zámek.

Muzeum bylo znovuotevřeno v r. 1949. Muzejní spolek byl rozpuštěn v r. 1950. Správu muzea převzal v r. 1954 ONV v Boskovicích. Sbírkový fond se rozrostl o nerosty a ornitologii a bohužel i o množství konfiskátů, stále však přetrvávaly nedostatky v evidenci. V roce 1960 v souvislosti se zrušením okresu Boskovice a přechodu státní správy do Blanska pak muzeum fungovalo pod MěstNV Boskovice jako Vlastivědné muzeum města Boskovic. Jeho existence však byla poznamenána spory o smysl jeho existence i dohady mezi samotnými stárnoucími pracovníky muzea. V r. 1972 umírá poslední velká osobnost dobrovolných pracovníků muzea J. Jurek. V tomtéž roce došlo k začlenění muzea do Okresního muzea Blansko a muzeum se profesionalizovalo. Mělo se zaměřit na zpracování dějin města, archeologické výzkumy a etnografii. V následujícím období prováděli pracovníci muzea výzkumy na archeologických lokalitách ve městě (hrad, Bašta, město) i v okolí (hradiska ve Svitávce, Velkých Opatovicích, Vážanech atd). Bohužel, došlo k nevratným zásahům do sbírkového fondu, které jej výrazně ochudily – převod velké části sbírek do Moravského muzea, doplnění instalace na boskovickém zámku, ideologicky zaměřené odpisy atd. V roce 1985 byly zpřístupněny nové stálé expozice věnované dějinám města a pravěkým dějinám regionu, doplněné v r. 1988 expozicí loveckých zbraní. Další změnu přinesl r. 1992, kdy bylo Okresní muzeum Blansko rozděleno mezi několik nových zřizovatelů a následně došlo i k obnovení činnosti Muzea Boskovicka, tentokrát však již v plně profesionalizované podobě. V tomtéž roce se muzeum opět stěhovalo, tentokrát do objektu tzv. residence (Hradní 1), kde je jeho hlavní sídlo i nyní. Došlo k opětnému přerušení provozu, obnovenému v roce 1994, kdy byly uvedeny do činnosti starší expozice dějin města a loveckých zbraní. K nim na podzim téhož roku přibyla nová stálá expozice v Plačkově ulici 6, věnovaná historii židovského osídlení v Boskovicích. V r. 1995 byla znovuotevřena upravená expozice “Pravěk Boskovické brázdy”, v r. 1998 pak byly otevřeny expozice “Historické zemědělské stroje” (nám. 9. května 2) a “Bojovali za svobodu” (nám. 9. května 2a).

Muzeum je v současné době tvořeno třemi odbornými pracovníky (ředitel – historik se zaměřením na dějiny 19. a 20. století, , archeolog, historik se zaměřením na dějiny do 18. st.) 5 provozními pracovníky a průvodci. Sbírkový fond představuje cca 22.000 inventárních čísel, z nichž převládají archeologické nálezy. Ostatní sbírky tvoří fond etnografický, fond militarií, starých tisků a archiválií, všeobecný kulturně – historický fond. V Muzeu je uloženo několik desítek tisíc historických i současných negativů a diapozitivů. Muzejní knihovna obsahuje přes 6000 svazků odborné literatury a slouží široké laické i odborné veřejnosti. Muzeum se zabývá zpracováním dějin města i regionu včetně sběru sbírkového materiálu, pořádá krátkodobé výstavy, přednášky, výlety, má bohatou publikační činnost a spolupracuje na pořádání mnoha dalších akcí, které obohacují život města i širokého okolí.